Għajnsielem wurde 1855 durch päpstlichen Erlass zur eigenständigen Pfarrei. Die Alte Pfarreikirche steht noch, aber da die Bevölkerung des Dorfes wuchs, benötigte man eine größere Kirche. 1924 begannen die Arbeiten an einer neuen Kirche im gotisch-lombardischen Stil und in Form eines lateinischen Kreuzes.

Die Arbeiten wurden mehrmals unterbrochen, durch den Ersten Weltkrieg Work und zwei Unfälle, bei denen sich der Steinmetzmeister Toni Vella beim Sturz vom Gebäude die Beine brach. Der erste Architekt gab auf, der zweite starb und insgesamt hatte die Kirche vier beaufsichtigende Architekten.

Mit der Segnung des Glockenturms im Juni 1979 war die Kirche schließlich endgültig fertiggestellt.

Die Kirche ist Unserer Lieben Frau von Loreto gewidmet. Als die neue Kirche fertig war, wurde die Statue der Namenspatronin von der alten Kirche in die neue überführt. Die schöne Statue wurde von Gallard et Fils in Marseilles gefertigt und kam am 14. Oktober 1866 in Gozo an, wo sie in einer Prozession vom Hafen Mġarr nach Għajnsielem getragen wurde.